保罗做了皇帝，被弗雷曼人奉若神明，尽管保罗不想被人当作神来崇拜，但为了维持统治，又不得不接受这样的角色。保罗内心非常不安，因为他在预言里看到了恐怖的圣zhan。圣zhan不可避免的发生了，持续了十二年，弗雷曼人在对穆阿迪布的狂热信仰中把战火蔓延至帝国的每一颗行星，几百亿人死去几十种宗教消亡，政jiao合一的帝国每征服一个星球就在当地建立齐扎拉教会，传播关于保罗和厄莉娅兄妹的救世主神话。与此同时，帝国暗潮汹涌，危机四伏。
姐妹会一直想得到保罗的基因，但是保罗拒绝和伊勒琅公主生孩子，不受待见的公主暗中给契尼下药阻止她怀孕，保罗预见到契尼会在生产的时候死去，公主下药反而推迟了契尼的死亡，所以保罗并没有阻止她。
宇航工会得知沙虫和香料之间的联系，企图抓走一条沙虫到别的星球培植香料。
有人在民间暗中推广塔罗牌搞占卜，未来就像一潭水，预知的人多了会把水搅混从而影响保罗的预知能力，然而保罗还是预见到了契尼的死亡，他的月亮坠落了。
帝国里有人密谋刺杀保罗，有姐妹会的老圣母，伊勒琅公主，宇航工会的代表艾德雷克，还有特莱拉星球的代表斯凯特尔。特莱拉人以培养门泰特闻名，会玩变脸术，还掌握克隆和基因改造技术可以复活死人。特莱拉人从宇航工会那里买到了战死的邓肯的尸体，然后抹去邓肯生前的记忆克隆出了一个新的门泰特起名叫海特。他们把海特当做礼物送给保罗，伺机操控海特刺杀保罗，但海特仍保有一些邓肯的残存记忆和对厄崔迪家族的忠诚，所以他劝保罗把自己扔掉，但保罗还是把他留在了身边。与此同时，厄莉娅爱上了海特。
斯凯特尔变成一个已死在沙漠中的前弗里曼敢死队长的女儿丽卡娜，要保罗带契尼一起去见她父亲有要事相商，保罗认出她是一个变脸者但还是跟着去了所幸没带上契尼。女孩的父亲把一个由特莱拉人制造的侏儒交给保罗，说这个侏儒知道所有反叛者的名字，保罗刚带着侏儒离开就遭到了叛军熔岩弹的袭击成了瞎子。按照弗雷曼的传统，瞎子等同于废人是要被扔到沙漠里去自生自灭的，斯第尔格劝保罗隐瞒此事，保罗说自己没瞎还能像以前一样行动自如，因为他能够借助预知能力看到眼前的一切。
侏儒其实是特莱拉人用来控制海特的，他们也预先得知了契尼的死，想控制海特跟保罗做交易，提出由特莱拉人让契尼起死回生回到保罗身边，条件是保罗必须放弃皇位并交出宇航工会的全部股份。
契尼的死讯传来，海特接收到杀死保罗的命令开始和他的忠诚发生冲突，最后忠诚战胜了命令，海特找回了曾经属于邓肯的全部记忆，变回了真正的邓肯，刺杀阴谋失败。
契尼生出的是一对龙凤双胞胎，保罗给儿子起名雷托二世，女儿起名甘*，这两个孩子都跟他们的姑姑厄莉娅一样生下来就拥有全部祖先的记忆。此时，假扮弗雷曼女孩的变脸者斯凯特尔也来了，劫持双胞胎要胁保罗，提出用契尼的复活交换保罗放弃皇位和宇航工会的股份，关键时刻保罗借助儿子的眼睛用飞刀杀死了变脸者。
阴谋败露，姐妹会老圣母、宇航工会及齐扎拉教会的叛徒们被判处了死刑，伊勒琅断绝了和姐妹会的关系要发誓一心照料保罗的两个孩子，厄莉亚成为了摄政女皇，邓肯和厄莉亚最终结合到了一起。
这件事之后，保罗是瞎子的事就曝光了，他决定遵照弗雷曼的传统，自我流放独自走进了茫茫沙海。